Gromacs软件安装

博主 1975 2021-05-18

根据官方文档要求更新、安装Gromacs所需要的环境依赖
https://manual.gromacs.org/documentation/current/install-guide/index.html

  1. 获取最新的C/C++编译器
  2. 检查cmake版本大于3.13
  3. 获取并解压Gromacs源码
  4. 创建一个独立的构建目录并进入该目录
  5. 在构建目录运行cmake
  6. 运行make，make check，make install
  7. 更新GMXRC以获取GROMACS访问

一个简单例子如下：

wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-5.1.1.tar.gz
tar xfz gromacs-xx.tar.gz
cd gromacs-xx
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

注意：

  1. camke
    版本：直接用apt install cmake的话，安装的cmake版本可能低于3.13，需要自己下载源码安装。编译cmake源码需要依赖g++
    依赖：需要g++，OpenSSL
wget http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html
     cmake-3.13.0.tar.gz
tar -zxvf cmake-3.13.0.tar.gz
./bootstrap
make
sudo make install

配置环境变量
在~/.bashrc中添加

export PATH="/usr/local/cmake/bin:$PATH"

然后source ~/.bashrc 更新环境变量
2. OpenSSL
cmake安装需要OpenSSL支持
https://www.tecmint.com/install-openssl-from-source-in-centos-ubuntu/
安装OpenSSL：

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential checkinstall zlib1g-dev libtemplate-perl
wget -c https://www.openssl.org/source/openssl-1.0.2p.tar.gz
tar -zxvf openssl-1.0.2p.tar.gz
cd openssl-1.0.2p.tar.gz
./config
make
make test
sudo make install

配置环境变量
在~/.bashrc中添加

export PATH="/usr/local/ssl/bin:${PATH}"
export OPENSSL_ROOT_DIR="/usr/local/ssl"
export OPENSSL_CRYPTO_DIR="/usr/local/ssl/lib"
export OPENSSL_INCLUDE_DIR="/usr/local/ssl/include"

然后source ~/.bashrc 更新环境变量

后来发现这样自己安装openssl并配置了还是有错误！还是用apt安装把，不然需要在cmake时手动使用-DOPENSSL_ROOT_DIR指定路径，太麻烦了

sudo apt-get install -y --assume-yes ca-certificates libssl-dev
gromacs