• 首页

  • 文章归档

  • 文章分类

  • 日志

  • 图库

  • 友链

  • 留言板

  • 关于我
H i , m e g u m i
H i , m e g u m i

无名高

获取中...

05
18
技术文章

Gromacs软件安装

发表于 2021-05-18 • gromacs • 被 1,321 人看爆

根据官方文档要求更新、安装Gromacs所需要的环境依赖
https://manual.gromacs.org/documentation/current/install-guide/index.html

  1. 获取最新的C/C++编译器
  2. 检查cmake版本大于3.13
  3. 获取并解压Gromacs源码
  4. 创建一个独立的构建目录并进入该目录
  5. 在构建目录运行cmake
  6. 运行make,make check,make install
  7. 更新GMXRC以获取GROMACS访问

一个简单例子如下:

wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-5.1.1.tar.gz
tar xfz gromacs-xx.tar.gz
cd gromacs-xx
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

注意:

  1. camke
    版本:直接用apt install cmake的话,安装的cmake版本可能低于3.13,需要自己下载源码安装。编译cmake源码需要依赖g++
    依赖:需要g++,OpenSSL
wget http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html
     cmake-3.13.0.tar.gz
tar -zxvf cmake-3.13.0.tar.gz
./bootstrap
make
sudo make install

配置环境变量
在~/.bashrc中添加

export PATH="/usr/local/cmake/bin:$PATH"

然后source ~/.bashrc 更新环境变量
2. OpenSSL
cmake安装需要OpenSSL支持
https://www.tecmint.com/install-openssl-from-source-in-centos-ubuntu/
安装OpenSSL:

sudo apt-get update
sudo apt-get install build-essential checkinstall zlib1g-dev libtemplate-perl
wget -c https://www.openssl.org/source/openssl-1.0.2p.tar.gz
tar -zxvf openssl-1.0.2p.tar.gz
cd openssl-1.0.2p.tar.gz
./config
make
make test
sudo make install

配置环境变量
在~/.bashrc中添加

export PATH="/usr/local/ssl/bin:${PATH}"
export OPENSSL_ROOT_DIR="/usr/local/ssl"
export OPENSSL_CRYPTO_DIR="/usr/local/ssl/lib"
export OPENSSL_INCLUDE_DIR="/usr/local/ssl/include"

然后source ~/.bashrc 更新环境变量


后来发现这样自己安装openssl并配置了还是有错误!还是用apt安装把,不然需要在cmake时手动使用-DOPENSSL_ROOT_DIR指定路径,太麻烦了

sudo apt-get install -y --assume-yes ca-certificates libssl-dev 
分享到:
Dockerfile奇技淫巧
eclipse/cpp_gcc镜像解析
  • 文章目录
  • 站点概览
无名高

帅哥无名高

我们是如何走到这一步

Github QQ Email RSS
看爆 Top5
  • SpringBoot学习笔记 2,486次看爆
  • 解决在IDEA编写Java代码时,向数据库中插入中文字符后显示?乱码问题 2,464次看爆
  • JDBC核心技术笔记 2,278次看爆
  • SpringMVC学习笔记 1,972次看爆
  • MySQL基础学习笔记 1,924次看爆
粤公网安备 44030702003128号 黔ICP备20006240号

Copyright © 2022 无名高 ·

Proudly published with Halo · Theme by fyang · 站点地图