Amber软件安装

博主 3191 2021-05-21

从官网下载源码,需要填写一个表格 官网:https://ambermd.org/
我下载的AmberTools21,文件比较大 500M左右
然后解压安装

tar -jxvf AmberTools21.tar.bz2
cd amber20_src/build
# optional: edit the run_cmake script to make any needed changes;
# most users should not need to do this
./run_cmake
# Next, build and install the code:
make install

执行环境变量配置脚本

source /your_dir/amber20/amber.sh

可能需要将该行命令添加到启动执行脚本~/.bashrc等位置。

安装过程中遇到问题

  1. 需要gfortran编译器
    使用apt-get下载apt-get install gfortran

  2. 找不到FLEX,缺少FLEX_EXECUTABLE
    使用apt-get下载apt-get install flex

上述问题在没下载以下这些包依赖的情况下可能出现,先安装以下这些包以搞定依赖

sudo apt-get install -y tcsh make gcc gfortran flex bison patch bc xorg-dev libbz2-dev wget
  1. 遇到的conda HTTP error,这里换用清华源解决
channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud